VPS 5732 Análise de redes em epidemiologia veterinária

Disciplina de pós-graduação

Informações

A disciplina de Análise de redes em Epidemiologia Veterinária é uma disciplina introdutória de análise de redes de trânsito animal.

Local: Todas as aulas serão realizadas na sala multimídia.

Programa e aulas

 

Data Horário Tema Arquivos
27/11/17 09h - 12h Introdução  PDF
    Breve revisão do R Apresentação
       
27/11/17 14h - 17h Breve revisão do R Script
    Instalando R. Instalando epinemo  
    Carregando banco de dados e criando matrizes Roteiro  BaseDados
       
28/11/17 9h - 12h Medidas de centralidade: grau  Roteiro
    Medidas de centralidade: PageRank, clustering  
    Medidas de centralidade: Intermediação e Proximidade  Roteiro
       
       
28/11/17 14h-17h Tipos de redes  Roteiro
    Ajuste da distribuição de grau  Roteiro
    Lei de Pareto  Roteiro
       
29/11/17 09h-12h Cadeia de contato e infecção: EpiContactTrace  Roteiro
    Análise de assortatividade Roteiro
    Detecção de comunidades Roteiro Apresentação Animação
       
29/11/17 14h-17h Vigilância e controle em redes: paradoxo da amizade Roteiro Apresentação
    Exportação de rede para Gephi Roteiro
       
30/11/17 09h-12h Modelagem de dinâmica e controle de doenças em redes Roteiro
       
30/11/17 14h-17h Modelagem com duas matrizes: rede e distância Roteiro
    Extra: Distância na rede e distância geográfica Roteiro
       
01/12/17 09h-12h Modelos híbridos de espalhamento: hybridModels Roteiro Script
       
01/12/17 14h-17h Discussão - dúvidas  

 

Instruções sobre o trabalho

O aluno deverá entregar um trabalho em pdf (com no máximo 20 páginas) envolvendo a análise de uma rede de trânsito animal, voltado a um dos seguintes temas:

1) caracterização da rede de trânsito animal

2) controle de doença infecciosa na rede de trânsito animal

3) vigilância de doença infecciosa na rede de trânsito animal

O aluno poderá utilizar a base de dados disponibilizada aqui (base_gta_ex.csv) ou o seu próprio banco de dados, se preferir.

Note que o nome do arquivo da base de dados deste trabalho é diferente do nome do arquivo utilizado nas aulas (altere o código do R de acordo).

Enviar até 15 de dezembro de 2017 por e-mail para: grisi@vps.fmvz.usp.br  e  amaku@vps.fmvz.usp.br 

 

Referências

Livros

  • Newman MEJ. Networks: An Introduction. Oxford, Oxford University Press, 2010.
  • Caldarelli G. Scale-Free Networks. Oxford, Oxford University Press, 2007.
  • Lewis TG. Network Science: Theory and Applications. Wiley, 2009.
  • Watts DJ. Six Degrees: The Science of a Connected Age. Norton, 2004.
  • Christakis NA, Fowler JH. Connected: The Surprising Power of Our Social Networks and How They Shape Our Lives. New York, Little, Brown and Company, 2009.

Artigos

  • [revisão de redes] Newman MEJ. The structure and function of complex networks. SIAM Review 45 (2003) 167-256. (link)
  • [revisão de redes] Costa LF et al. Characterization of complex networks: A survey of measurements. Advances in Physics Vol. 56, No. 1, February 2007, 167–242. doi:10.1080/00018730601170527
  • [revisão de comunidades] Fortunato S. Community detection in graphs. Physics Reports 486 (2010) 75174. doi:10.1016/j.physrep.2009.11.002
  • [revisão de dinâmica de doenças e comportamento] Wang Z et al. Coupled disease–behavior dynamics on complex networks: A review. Physics of Life Reviews 15 (2015) 1-29. doi:10.1016/j.plrev.2015.07.006
  • [comunidade] Grisi-Filho JHH, Amaku M, Ferreira F, Dias RA, Ferreira Neto JS, Negreiros RL, Ossada R. Detecting livestock production zones. Preventive Veterinary Medicine 110 (2013) 304-311. doi:10.1016/j.prevetmed.2012.12.013
  • [redes livres de escala] Grisi-Filho JHH, Ossada R, Ferreira F, Amaku M. Scale-free networks with the same degree distribution: Different structural properties. Physics Research International. Volume 2013, Article ID 234180, 2013. doi:10.1155/2013/234180
  • [ajuste da lei de potência] Clauset A, Shalizi CR, Newman MEJ. Power-law distributions in empirical data. SIAM Review 51 (2009) 661–703. doi:10.1137/070710111
  • [modelagem] Ossada R, Grisi-Filho JHH, Ferreira F, Amaku M. Modeling the dynamics of infectious diseases in different scale-free networks with the same degree distribution. Advanced Studies in Theoretical Physics, Vol. 7 (2013) 759-771. doi:10.12988/astp.2013.3674
  • [paradoxo da amizade] Amaku M, Grisi-Filho JHH, Negreiros RL, Dias RA, Ferreira F, Ferreira Neto JS, Cipullo RI, Marques FS, Ossada R. Infectious disease surveillance in animal movement networks: An approach based on the friendship paradox. Preventive Veterinary Medicine 121 (2015) 306-313. doi:10.1016/j.prevetmed.2015.08.002
  • [paradoxo da amizade] Amaku M, Grisi-Filho JHH. The friendship paradox as a strategy for scenarios with incomplete network data. Physics of Life Reviews 15 (2015) 39-40. doi:10.1016/j.plrev.2015.09.004
  • [rede e doença (brucelose)] Cipullo RI, Grisi-Filho JHH, Dias RA, Ferreira F, Ferreira Neto JS, Gonçalves VSP, Marques FS, Negreiros RL, Ossada R, Amaku M. Cattle movement network, herd size, and bovine brucellosis in the State of Mato Grosso, Brazil. Semina: Ciências Agrárias 37 supl. 2 (2016) 3777-3792. doi:10.5433/1679-0359.2016v37n5Supl2p3777
  • [feiras de gado na rede de PE] Silva Júnior JL et al. Feiras de gado desempenham papel importante na rede de trânsito de bovinos em Pernambuco, Brasil. Brazilian Journal of Veterinary Research and Animal Science, v. 54, n. 3, p. 225-237, 2017. doi:10.11606/issn.1678-4456.bjvras.2017.124303

Teses

  • Rísia Lopes Negreiros. Caracterização e análise da rede de movimento de bovinos no Estado de Mato Grosso. Tese de Doutorado. São Paulo, VPS/FMVZ/USP, 2010. (Teses USP)
  • José Henrique de Hildebrand e Grisi Filho. Caracterização de circuitos pecuários com base em redes de movimentação de animais. Tese de Doutorado. São Paulo, VPS/FMVZ/USP, 2012. (PDF)
  • Rafael Ishibashi Cipullo. Comparação e análise da rede de movimento de bovinos de propriedades positivas e negativas para brucelose no Estado de Mato Grosso. Dissertação de Mestrado. São Paulo, VPS/FMVZ/USP, 2013. (Teses USP).
  • Raul Ossada. Modelagem de medidas de controle em redes de movimentação de animais. Tese de Doutorado. São Paulo, VPS/FMVZ/USP, 2015. (Teses USP)
  • Fernando Silveira Marques. Modelo híbrido estocástico aplicado no estudo de espalhamento de doenças infecciosas em rede dinâmicas de movimentação de animais. Tese de Doutorado. São Paulo, VPS/FMVZ/USP, 2015. (Teses USP)

Sobre o R

  • Oswaldo Santos Baquero. Manipulação e visualização de dados no R. São Paulo, FMVZ/USP, 2016. (ebook)
  • Curso de introdução à linguagem R para pós-graduandos em Ecologia e áreas afins. IB/USP. (site)